Dla dobra Pacjenta | Łódzkie Centrum Diagnostyki Molekularnej

Klub Innowatorów Dziecięcych Szpitali K.I.D.S.  przyznał nagrody w konkursie „Dziecięcy szpital przyszłości”. W kategorii „Centrum Innowacji” wyróżnił Centralny Szpital Kliniczny Uniwersytetu Medycznego w Łodzi za nowoczesne Centrum Diagnostyki Molekularnej (konkurentami do nagrody były: Instytut Matki i Dziecka w Warszawie – „Technologią w Raka – VR w Instytucie Matki i Dziecka” oraz Instytut Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka – „Aplikacja Pacjenta IPCZD”).

Dziś do kampusu uniwersyteckiego w Łodzi należą: Uniwersyteckie Centrum Pediatrii im. Marii Konopnickiej, Centralny Szpital Kliniczny CKD, Uniwersytecki Szpital Kliniczny im. Norberta Barlickiego, Uniwersytecki Szpital Kliniczny im. WAM. Ich wspólnota celów umożliwia kompleksową opiekę nad pacjentem. Diagnostyka prenatalna u kobiety w ciąży wskazuje na wymagającego opieki pacjenta pediatrycznego. Albo odwrotnie – rozwiązania swoich problemów zdrowotnych szuka rodzina, a potem dziecko z odziedziczoną nieprawidłowością genetyczną. Temu służy Centrum Diagnostyki Molekularnej Centralnego Szpitala Klinicznego z wyspecjalizowanymi pracowniami i zakładami.

Łódzkie laboratorium to referencyjny ośrodek diagnostyczny dla całej Polski genetycznych form cukrzyc oraz zespołów cukrzyc monogenowych, takich jak zespoły Wolframa, Alströma, Bardeta-Biedla, oraz chorób onkohematologicznych i pierwotnych niedoborów odporności. Badacze ściśle współdziałają z Polskim Towarzystwem Genetyki Człowieka, z Ministerstwem Zdrowia i Narodowym Funduszem Zdrowia, kreując standardy diagnostyki i terapii. Są zaangażowani w certyfikowanie laboratoriów genetycznych, gwarantujące jakość i rzetelność badań. Włączają się w tworzenie ustaw dotyczących diagnostyki, w poszukiwanie terapii, głównie w obszarze genetyki, hematologii i onkologii dziecięcej.  

Historycznie 

Zaczęło się od małej Pracowni Immunopatologii i Genetyki, niemal 20 lat temu. Dziś łódzki zespół diagnostyczno-kliniczny jest „małą fabryką” (28 osób), a rektor Łódzkiego UM Radzisław Kordek zdecydował o umieszczeniu go w nowym budynku. Informatycy z uczelni przygotowali serwery, z powierzchniami dyskowymi mającymi wystarczyć na wiele lat. Badacze wypełnili je danymi w niecały rok. Zespołem bioinformatyczno-statystycznym Zakładu Biostatystyki i Medycyny Translacyjnej UMED kieruje prof. Wojciech Fendler, profesor w Łodzi i w medycznej szkole Harvarda. 

Z biegiem lat – opowiada prof. Wojciech Młynarski, pierwszy kierownik Pracowni Immunopatologii i Genetyki, obecnie kierownik Kliniki Pediatrii, Onkologii i Hematologii – dołączali do zespołu diagności, biologowie molekularni i lekarze, zdobywali doświadczenie w zakresie badań genetycznych z użyciem technik genetyki, biologii molekularnej i immunologii. Gdy cały świat przechodził na tzw. technologie NGS (sekwencjonowania następnej generacji, badania całego genomu), oni także – dla pacjentów z całej Polski i dla kilku krajów europejskich – wdrożyli diagnostyką molekularną w takich chorobach, jak cukrzyce monogenowe, pierwotne niedobory odporności czy monogenowe choroby hematologiczne. Obecni profesorowie: Wojciech Młynarski i Maciej Borowiec (dziś kieruje Zakładem Genetyki Klinicznej) prowadzili w tym zakresie diagnostykę i badania naukowe. Obaj wyniesione z Uniwersytetu Harvarda wysokie standardy jakości i rzetelności wpisywali w codzienną pracę swoich zespołów. Dołączył do nich wspomniany już Wojciech Fendler. 

Zaczęło się od diabetologii, ale zawsze chciałem, żeby nasz rozwój szedł w kierunku onkologii i hematologii – wspomina prof. Młynarski. Diagnozowaliśmy pojedyncze zespoły genetyczne, predysponujące do nowotworów u dzieci, jak zespół Nijmegen, rzadka choroba genetyczna objawiająca się wysokim ryzykiem wystąpienia nowotworów (u ponad 80% pacjentów do 20. roku życia diagnozowana jest choroba onkologiczna).

Dzięki dr Aleksandrze Jasińskiej (ob. Jaworowskiej) panel badań diagnostycznych rozszerzył się o neutropenie wrodzone, rzadkie pierwotne niedobory odporności. W niektórych przypadkach jedyną możliwą terapią jest przeszczep krwiotwórczych komórek macierzystych. Obecnie, w zależności od podłoża genetycznego, wyróżnia się osiem głównych typów ciężkiej wrodzonej neutropenii i szereg zespołów związanych z neutropenią przewlekłą. 

Stawali się znani, przekonane do ich kompetencji kolejne ośrodki w Polsce zaczęły przysyłać do nich pacjentów diabetologicznych, hematologicznych i in. Przy szpitalu powstało centrum cukrzyc monogenowych (prof. Maciej Borowiec, prof. Agnieszka Zmysłowska). Nawiązano współpracę z prof. Ewą Bernatowską z Kliniki Immunologii w CZD w zakresie badań wrodzonych zaburzeń w układzie odporności. Praktycznie ze wszystkich ośrodków immunologii zaczęły napływać próbki do badań pacjentów w kierunku różnego rodzaju uwarunkowanych genetycznie chorób układu odporności. Dr n.med. Katarzyna Bąbol-Pokora stanęła na czele zajmującej się tym wieloprofilowej Pracowni Immunopatologii i Genetyki. Bada się tu podłoże molekularne zaburzeń hematologicznych, zwłaszcza ALL, oraz pierwotnych niedoborów odporności, a także wykonuje ocenę subpopulacji limfocytów i immunologiczną diagnostykę różnicowania cukrzycy. Dr Agata Pastorczak rozwinęła badania dotyczące predyspozycji genetycznych do chorób nowotworowych u dzieci. 

Gdy wyniki badań genetycznych w chorobach hematologicznych i onkologicznych, wydawane przez zespół diagnostów łódzkich, powszechnie w Polsce uznano za wiarygodne, ówczesny konsultant krajowy w dziedzinie onkologii i hematologii dziecięcej prof. Jerzy Kowalczyk umieścił w ośrodku łódzkim diagnostykę choroby resztkowej (ang. Minimal Residual Disease MRD) z użyciem badań molekularnych, warunkujących skuteczne leczenie białaczek u dzieci. Dzięki finansowaniu i sprzętowi od WOŚP powstało Centralne Laboratorium Badań Genetycznych w Onkologii Dziecięcej „OncoLab”, służące ośrodkom w całej Polsce, kierowane przez dr n. biol. Joannę Tahę. 

Wyżej wymienione jednostki funkcjonujące na terenie jednego szpitala, pierwotnie pod auspicjami Kliniki Pediatrii, Onkologii i Hematologii, później niektóre z nich jako niezależne byty, weszły w skład Medycznego Laboratorium Pediatrycznego, będącego swoistym Centrum Diagnostyki Molekularnej chorób u dzieci, uwarunkowanych genetycznie. Tą częścią laboratorium Szpitala kieruje dr Katarzyna Bąbol-Pokora. W ramach badań klinicznych i Narodowego Programu Zwalczania Chorób Nowotworowych diagnozowani tu są (z użyciem wysokoprzepustowych technologii analizy całego genomu) pacjenci z całej Polski z zaburzeniami immunologicznymi, z ciężkimi niedoborami odporności, z małopłytkowością, z niedokrwistością, z chorobami onkologicznymi i hematoonkologicznymi. 

W Łodzi umieszczono też kierownictwo nowatorskiego projektu badawczego finansowanego przez Agencję Badań Medycznych leczenia dzieci z ALL. Odtąd, gdziekolwiek w Polsce na oddziale onkohematologii dziecięcej jest podejrzenie białaczki, próbka szpiku dziecka trafia do Łodzi na badania molekularne całego genomu. 

Stawianie rozpoznań to proces

Trzeba być ekspertem, żeby na podstawie danych z badań genetycznych postawić rozpoznanie. Często weryfikujemy rozpoznania postawione gdzieś w Polsce czy w świecie – opowiada prof. Młynarski. Nie jesteśmy geniuszami – po prostu się na tym znamy. Zespół specjalizuje się w hematologii, czyta literaturę. Nie jesteśmy rutynowym laboratorium diagnostycznym, tylko naukowym. Nawet jeśli na danym etapie rozwoju wiedzy nie postawimy rozpoznania, pacjenta w naszej bazie oznaczamy symbolem x (braku rozpoznania) i po jakimś czasie wracamy do jego danych bioinformatycznych lub materiału biologicznego w biobanku i stawiamy rozpoznanie. Co więcej – możemy pomóc kolejnym pacjentom z tą samą chorobą. Pięć lat temu mieliśmy jednego pacjenta, teraz z podobnymi albo innymi chorobami w zakresie zaburzenia odporności mamy kolejnych pięciu i łącząc dane z wszystkich badań, znajdujemy defekt sprawczy dla ich choroby.

Badania służą temu, by poprawić jakość życia pacjentów, wskazać skuteczną terapię. Wykonując badania u pacjenta pediatrycznego, od razu przenosimy je na rodziców, rodzeństwo rodziców, na dziadków. Zajmujemy się całą rodziną – dodaje prof. Maciej Borowiec. 

Współpraca z ośrodkami w Polsce i za granicą

Ośrodek łódzki współpracuje w zakresie chorób rzadkich z ośrodkami w Stanach Zjednoczonych, w Niemczech, w Holandii. Prowadzi np. jedno z pierwszych na świecie badanie kliniczne z udziałem czterech krajów (poszukiwanie terapii ukierunkowanej molekularnie w zespole Wolframa), koordynowane przez grupę brytyjską z Birmingham, finansowane przez MRC, odpowiednik polskiej ABM. 

Co diagnozują?

Centrum diagnozuje ALL u ok. 250 dzieci rocznie, szukając jednego z wielu zidentyfikowanych i opisanych dotąd podtypów molekularnych. 

U pacjentów pediatrycznych w zależności od współistniejących objawów, w uzasadnionych przypadkach poszukują wrodzonej predyspozycji do nowotworzenia. Dzięki zapleczu diagnostycznemu i współpracy międzynarodowej w ośrodku powstało badanie dotyczące przebiegu choroby nowotworowej w zespole Nijmegen i wpływu przeszczepiania szpiku na przeżycie tych pacjentów, którego wyniki zostały opublikowane w amerykańskim czasopiśmie z zakresu onkologii. Odtąd ośrodki zza oceanu konsultują u prof. Młynarskiego pacjenta z tą chorobą: czy można go już transplantować, z jakimi powikłaniami leczenia trzeba się liczyć. W tym aspekcie zespół prof. Młynarskiego współpracuje również z innymi ekspertami: dr n.med. Anną Wakulińską oraz dr n.med. Beatą Wolską-Kuśnierz z CZD.

Mutacja założycielska w tym zespole to delecja pięciu nukleotydów genu NBN, w tym najczęstsza mutacja, tzw. słowiańska, która powstała zapewne na terenie dawnej Polski i Czech. Produkt białkowy kodowany przez gen NBN nibryna bierze udział w reperacji uszkodzeń dwuniciowego kwasu dezoksyrybonukleinowego (dsDNA). Zaburzenie w mechanizmie naprawy skutkuje niestabilnością chromosomową, generując wysokie ryzyko nowotworzenia. Wykrycie tych rzadkich przypadków jest istotne, bo pacjent z zespołem Nijmegen musi otrzymać odpowiednio dopasowane leczenie jeśli rozwinie nowotwór lub być przeszczepiony. Badania badaczy łódzkich nad biologią chłoniaków w tym zespole przebiegają w ramach grantu finansowanego z Narodowego Centrum Nauki. Ośrodek łódzki uczestniczy również w programie międzynarodowym COST-Legend. Ta sieć badawcza łączy lekarzy, naukowców, biologów, zainteresowanych predyspozycjami do białaczek i chłoniaków. Wspólnie realizują projekty badawcze oraz współpracują z rodzinami chorych. 

Badają stare, odkrywają i opisują nowe choroby

Moim głównym zainteresowaniem naukowym i klinicznym jest wrodzona predyspozycja do nowotworzenia u dzieci. Jest to fascynująca dziedzina, niezwykle dynamicznie się rozwijająca – mówi dr Agata Pastorczak. A przecież kiedy zaczynałam pracować, o podłożu genetycznym nowotworów u dzieci wiadomo było niewiele. Teraz coraz częściej zyskujemy dowody na jego istnienie i mamy nadzieję na posługiwanie się w przyszłości tą wiedzą w diagnostyce i leczeniu pacjenta. 

Pionierskich obserwacji mają wiele, odkrywają nowe choroby. Dr hab. Szymon Janczar opisał nowy zespół genetyczny, związany z hemofilią: moya-moya, niosący ryzyko zakrzepicy naczyń u pacjenta z zaburzeniami krzepnięcia. Po tym opisie odszukano kilkunastu takich pacjentów na świecie. Zidentyfikowano też wielu pacjentów z defektami genetycznymi w zakresie cukrzyc monogenowych. Udokumentowano po raz pierwszy, że w konkretnych zaburzeniach genetycznych stosowane leki penetrują do OUN i poprawiają jego funkcję. 

Czasem odkrywają coś w tym samym czasie, co inni. Np. w sierpniu tego roku pojawił się pierwszy artykuł o nowo odkrytej przyczynie neutropenii wrodzonej, a ośrodek łódzki – realizujący od dwóch lat projekt finansowany przez Fundację Nauki Polskiej – zdiagnozował jej przypadek w tym samym czasie, co Amerykanie pracujący nad tym samym defektem.

Albo my, albo inni są pierwsi: czasami jest to kompetycja, czasami współpraca – podkreśla prof. Młynarski. 

Wiedza nieustannie się rozwija 

Wciąż pojawiają się nowe doniesienia dotyczące już znanych chorób. Okazuje się np., że chorobę, dotąd uznawaną wyłącznie za recesywną (do zaistnienia choroby potrzeba uszkodzenia obu alleli), może spowodować tylko jeden wariant patogenny. Albo kolejne badania funkcjonalne rzucają nowe światło na znane wcześniej defekty, co naprowadza na właściwe rozpoznanie – wyjaśnia dr Katarzyna Bąbol-Pokora.

Profesor Borowiec podkreśla odkrycie i opisanie genu odpowiedzialnego za jedną z form cukrzyc monogenowych. Możliwość wykrywania tych cukrzyc na najwcześniejszym etapie pozwala zmienić terapię pacjenta, co chroni go przed stygmatyzacją bycia diabetykiem.

Ostatnio zyskaliśmy narzędzia i wiedzę, nt. nowej technologii CAR-T-cells. Łącznie z technologią CRISPR-CAS9 „edycji” genomu ma szansę polepszyć stan zdrowia pacjenta, docelowo – wyleczyć go – sądzi profesor Borowiec.  Rozwój nowych technologii diagnostycznych i bioinżynierii, np. metabolomiki, przyniósł ogromną liczbę informacji i możliwości – dodaje prof. Borowiec. Potrafimy badać obszary ulegające metylacji w organizmie pacjenta (metylomy) i na postawie ich analizy znaleźć przyczynę rozwoju chorób. Jednocześnie szukamy punktu uchwytu dla potencjalnego leku. Badamy fosforylację białek – procesy mogące wpływać również na nowotworzenie czy na jego akcelerację, cząstki miRNA, które od lat święcą triumfy w diagnostyce w przewidywaniu rozwoju czy powikłań różnych chorób, by w przyszłości wykorzystać je jako leki, albo jako target dla terapeutycznych cząsteczek chemicznych. 

Różne techniki 

Pracownia Immunopatologii i Genetyki wykorzystuje najnowocześniejsze technologie sekwencjonowania i genotypowania, standardowe techniki biologii molekularnej (PCR, MLPA, sekwencjonowanie Sangera) i metody wysokoprzepustowe (macierze SNP o wysokiej rozdzielczości, sekwencjonowanie nowej generacji w zakresie wybranego panelu genów, całego eksomu bądź transkryptomu), służące do precyzyjnego określenia defektu genetycznego występującego u pacjenta. Pracownia hodowli komórkowych i szereg technik (ELISA, Western-Blotting, cytometria przepływowa) dają możliwość uzupełnienia testów molekularnych o badania funkcjonalne. Pracownia posiada certyfikaty European Molecular Genetics Quality Network oraz Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka.

Diagności stosują metodę NGS opartą o sekwencjonowanie – czasem jednak niewystarczającą, nie pozwala ona bowiem np. na ujawnienie dużych defektów, np. utraty fragmentu genu czy nawet chromosomu, i wymaga zastosowania technik uzupełniającej. Okazuje się czasami, że choroba, która była diagnozowana wyłącznie sekwencjonowaniem, ma defekt w postaci utraty całego genu, co pozwala wykryć dopiero badanie techniką mikromacierzy.

U pewnej pacjentki z wrodzoną asplenią (brakiem śledziony), badanie NGS nie wykazało żadnego defektu, poszerzona analiza wykazała, że miała ona delecję jednej kopii tego genu – wcześniej nie opisano takiego przypadku.  

I oczywiście my go opisaliśmy – opowiada dr Katarzyna Bąbol-Pokora. I wyjaśnia – rozwój technik i możliwości postępuje w zawrotnym tempie. Nie zdążymy się przyzwyczaić do jednego odkrycia, a już na horyzoncie są kolejne. Wykorzystujemy w naszym laboratorium także techniki badawcze oparte o CRISPR/CAS-9 czy analizy typu single-cell, umożliwiające badania na poziomie jednej komórki, jesteśmy więc w stanie przeprowadzić sekwencjonowanie czy ekspresję na pojedynczych komórkach i dywersyfikować poszczególne ścieżki w zależności od typu komórek, do jakiego należą. W naszych laboratoriach mamy możliwości oceny pojedynczych komórek metodą sekwencjonowania DNA i RNA (single cell NGS sequencing), a także oceny białek (single cell Western blotting). 

Pacjenci z ALL oporną na leczenie, mimo że stanowią pojedyncze przypadki rocznie, motywują nas do wnikania w przyczyny oporności, szukania rozwiązań. Do tego wykorzystujemy wszystkie techniki, jakie mamy w swoim portfolio, w tym RNA-seq i wysokorozdzielcze macierze całogenomowe. Próbujemy nie tylko nadążać za rozwojem diagnostyki molekularnej w chorobach hematologicznych czy onkologicznych, ale też go wyprzedzić, a co najmniej mu dorównać. Moim zdaniem w tym zakresie jesteśmy w światowej czołówce – mówi nie bez dumy kierowniczka Pracowni. 

Laboratorium Oncolab, ściśle współpracujące z Pracownią Immunopatologii i Genetyki, znaczną część sprzętu diagnostycznego ma dzięki Fundacji Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy (aparatura do wykonywania badań mikromacierzowych GC30007G, sekwenatory itp). Część wyposażenia zakupiono dzięki wsparciu innych instytucji, np. Narodowego Programu Rozwoju Medycyny Transplantacyjnej.

Badają stare, odkrywają i opisują nowe choroby

Moim głównym zainteresowaniem naukowym i klinicznym jest wrodzona predyspozycja do nowotworzenia u dzieci. Jest to fascynująca dziedzina, niezwykle dynamicznie się rozwijająca – mówi dr Agata Pastorczak. A przecież kiedy zaczynałam pracować, o podłożu genetycznym nowotworów u dzieci wiadomo było niewiele. Teraz coraz częściej zyskujemy dowody na jego istnienie i mamy nadzieję na posługiwanie się w przyszłości tą wiedzą w diagnostyce i leczeniu pacjenta. 

Pionierskich obserwacji mają wiele, odkrywają nowe choroby. Dr hab. Szymon Janczar opisał nowy zespół genetyczny, związany z hemofilią: moya-moya, niosący ryzyko zakrzepicy naczyń u pacjenta z zaburzeniami krzepnięcia. Po tym opisie odszukano kilkunastu takich pacjentów na świecie. Zidentyfikowano też wielu pacjentów z defektami genetycznymi w zakresie cukrzyc monogenowych. Udokumentowano po raz pierwszy, że w konkretnych zaburzeniach genetycznych stosowane leki penetrują do OUN i poprawiają jego funkcję. 

Czasem odkrywają coś w tym samym czasie, co inni. Np. w sierpniu tego roku pojawił się pierwszy artykuł o nowo odkrytej przyczynie neutropenii wrodzonej, a ośrodek łódzki – realizujący od dwóch lat projekt finansowany przez Fundację Nauki Polskiej – zdiagnozował jej przypadek w tym samym czasie, co Amerykanie pracujący nad tym samym defektem.

Albo my, albo inni są pierwsi: czasami jest to kompetycja, czasami współpraca – podkreśla prof. Młynarski. 

Wiedza nieustannie się rozwija 

Wciąż pojawiają się nowe doniesienia dotyczące już znanych chorób. Okazuje się np., że chorobę, dotąd uznawaną wyłącznie za recesywną (do zaistnienia choroby potrzeba uszkodzenia obu alleli), może spowodować tylko jeden wariant patogenny. Albo kolejne badania funkcjonalne rzucają nowe światło na znane wcześniej defekty, co naprowadza na właściwe rozpoznanie – wyjaśnia dr Katarzyna Bąbol-Pokora.

Profesor Borowiec podkreśla odkrycie i opisanie genu odpowiedzialnego za jedną z form cukrzyc monogenowych. Możliwość wykrywania tych cukrzyc na najwcześniejszym etapie pozwala zmienić terapię pacjenta, co chroni go przed stygmatyzacją bycia diabetykiem.

Ostatnio zyskaliśmy narzędzia i wiedzę, nt. nowej technologii CAR-T-cells. Łącznie z technologią CRISPR-CAS9 „edycji” genomu ma szansę polepszyć stan zdrowia pacjenta, docelowo – wyleczyć go – sądzi profesor Borowiec.  Rozwój nowych technologii diagnostycznych i bioinżynierii, np. metabolomiki, przyniósł ogromną liczbę informacji i możliwości – dodaje prof. Borowiec. Potrafimy badać obszary ulegające metylacji w organizmie pacjenta (metylomy) i na postawie ich analizy znaleźć przyczynę rozwoju chorób. Jednocześnie szukamy punktu uchwytu dla potencjalnego leku. Badamy fosforylację białek – procesy mogące wpływać również na nowotworzenie czy na jego akcelerację, cząstki miRNA, które od lat święcą triumfy w diagnostyce w przewidywaniu rozwoju czy powikłań różnych chorób, by w przyszłości wykorzystać je jako leki, albo jako target dla terapeutycznych cząsteczek chemicznych. 

Różne techniki 

Pracownia Immunopatologii i Genetyki wykorzystuje najnowocześniejsze technologie sekwencjonowania i genotypowania, standardowe techniki biologii molekularnej (PCR, MLPA, sekwencjonowanie Sangera) i metody wysokoprzepustowe (macierze SNP o wysokiej rozdzielczości, sekwencjonowanie nowej generacji w zakresie wybranego panelu genów, całego eksomu bądź transkryptomu), służące do precyzyjnego określenia defektu genetycznego występującego u pacjenta. Pracownia hodowli komórkowych i szereg technik (ELISA, Western-Blotting, cytometria przepływowa) dają możliwość uzupełnienia testów molekularnych o badania funkcjonalne. Pracownia posiada certyfikaty European Molecular Genetics Quality Network oraz Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka.

Diagności stosują metodę NGS opartą o sekwencjonowanie – czasem jednak niewystarczającą, nie pozwala ona bowiem np. na ujawnienie dużych defektów, np. utraty fragmentu genu czy nawet chromosomu, i wymaga zastosowania technik uzupełniającej. Okazuje się czasami, że choroba, która była diagnozowana wyłącznie sekwencjonowaniem, ma defekt w postaci utraty całego genu, co pozwala wykryć dopiero badanie techniką mikromacierzy.

U pewnej pacjentki z wrodzoną asplenią (brakiem śledziony), badanie NGS nie wykazało żadnego defektu, poszerzona analiza wykazała, że miała ona delecję jednej kopii tego genu – wcześniej nie opisano takiego przypadku.  

I oczywiście my go opisaliśmy – opowiada dr Katarzyna Bąbol-Pokora. I wyjaśnia – rozwój technik i możliwości postępuje w zawrotnym tempie. Nie zdążymy się przyzwyczaić do jednego odkrycia, a już na horyzoncie są kolejne. Wykorzystujemy w naszym laboratorium także techniki badawcze oparte o CRISPR/CAS-9 czy analizy typu single-cell, umożliwiające badania na poziomie jednej komórki, jesteśmy więc w stanie przeprowadzić sekwencjonowanie czy ekspresję na pojedynczych komórkach i dywersyfikować poszczególne ścieżki w zależności od typu komórek, do jakiego należą. W naszych laboratoriach mamy możliwości oceny pojedynczych komórek metodą sekwencjonowania DNA i RNA (single cell NGS sequencing), a także oceny białek (single cell Western blotting). 

Pacjenci z ALL oporną na leczenie, mimo że stanowią pojedyncze przypadki rocznie, motywują nas do wnikania w przyczyny oporności, szukania rozwiązań. Do tego wykorzystujemy wszystkie techniki, jakie mamy w swoim portfolio, w tym RNA-seq i wysokorozdzielcze macierze całogenomowe. Próbujemy nie tylko nadążać za rozwojem diagnostyki molekularnej w chorobach hematologicznych czy onkologicznych, ale też go wyprzedzić, a co najmniej mu dorównać. Moim zdaniem w tym zakresie jesteśmy w światowej czołówce – mówi nie bez dumy kierowniczka Pracowni. 

Laboratorium Oncolab, ściśle współpracujące z Pracownią Immunopatologii i Genetyki, znaczną część sprzętu diagnostycznego ma dzięki Fundacji Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy (aparatura do wykonywania badań mikromacierzowych GC30007G, sekwenatory itp). Część wyposażenia zakupiono dzięki wsparciu innych instytucji, np. Narodowego Programu Rozwoju Medycyny Transplantacyjnej.

Fot.: Michał Tuliński

Źródło: onkologia-dziececa.pl